1、食品固有：一方面，自然界中的动植物中，有的天然成分就是有毒、有害的物质，如河豚鱼中含河豚毒素，毒蘑菇中含有有毒成分，一些青菜中含有大量的硝酸盐等。另一方面，由于畜、禽自身存在感染，使其肉制品携带病原体，如感染绦虫病的牛肉、猪肉，带有华支睾吸虫的鱼，感染沙门菌畜禽的肉（蛋）等。 2）食品污染：是指人们吃进的各种食品在生产、加工、包装、贮存、运输、销售等环节中污染了有毒有害物质。污染可发生在从生产到餐桌整个过程的任何环节。微生物引起的食源性疾病也是影响我国食品安全的最主要因素。食品的化学性污染来源复杂，种类繁多。3）食品变质：主要指食品在正常、自然的状况下，有关成分发生了一定变化，对人体带来一定的健康危害。如油脂酸败引起的食物中毒。4）人工添加：食品添加剂种类和数量繁多，食品生产经营者未遵守“食品添加剂使用卫生标准(GB2760)”规定的品种、用量和使用范围，滥用食品添加剂、色素、防腐剂等，可导致食品安全问题。另一方面是为牟取暴利，利欲熏心的不法之徒人为恶意掺杂使假、制假、售假的恶性事件时有发生。5）非法生产经营：主要是中小城市、乡镇、城乡结合部以及农村的一些无照企业、个体商贩及家庭式作坊，往往躲避卫生监管，未经卫生行政部门许可，大多生产条件简陋，难以达到食品生产经营的卫生要求，是造成食品安全问题的重要隐患和源头。6）食品新原料、新工艺的应用如转基因。